生殖器疱疹的基本特点是一旦染病，周期发生，缠绵不愈，而且它可引起不孕、不育，死胎、畸胎。原发感染后经过一定的静止期后常复发，引起复发的原因是发热、月经来潮、劳累、精神紧张、精神创伤及外感等。食物及药物也可能成为诱因。
第一次发生生殖器疱疹后，经过一定的治疗或未经治疗，患者会逐渐好转，疱疹消退。但此时并不能说明生殖器疱疹已经痊愈，几乎%的患者会出现复发性生殖器疱疹。复发后一般均在原处，全身症状轻，病程较短，皮损约10天左右消退。水疱数目、持续时间和自觉症状均比原发者轻、淋巴结不肿大、很少有全身症状。复发性生殖器疱疹多发生在外阴、阴道、宫颈等部位，尿道发病较少见。
生殖器疱疹为何难以根除
1、疱疹病毒的突变能力较强
疱疹病毒结构简单，而简单的结构使其在遇到药物破坏时较容易出现基因重组，发生突变，从而加大治疗难度。
2、抗菌药物的不规范使用
不规范使用抗菌药物影响身体的免疫及内分泌等系统的功能，同时还会使病毒产生变异，“治病”无异于“培养病毒。
3、并发症较多
生殖器疱疹本身症状经过半月左右症状会缓解，但会出现较多的并发症，如前列腺炎、溃疡等等，如不认真分析病情而盲目用药治疗则会毫无效果。
4、病毒分布较广
生殖器疱疹的病毒可广泛存在于患处、疱疹内部、渗出的组织液，后期甚至感染神经系统等等，而病毒的广泛分布加大了治疗的难度。
5、病毒潜伏期长
复发性疱疹潜伏期可长达半年之久，一旦机体免疫功能下降，病毒可被激活，导致疾病复发，加大治疗难度。
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